碳酸锰矿石中主要矿物是菱锰矿、钙菱锰矿、锰方解石和菱锰铁矿等；脉石矿物有硅酸盐和碳酸盐矿物，也常伴生硫和铁等杂质。矿石组成比较复杂，锰矿物嵌布粒度细到几微米，不易解离，难于获得较高精矿品位。

碳酸锰矿石选矿方法大多采用强磁选、重介质选矿和浮选等方法。沉积型含硫酸锰矿石一般采用炭质页岩、黄铁矿和锰矿物的顺序优先浮选流程。热液型含铅锌碳锰矿石一般采用浮选－强磁选流程。某些含硫富锰矿石，锰矿物主要是硫锰矿，一般采用焙烧方法除硫。有的富碳酸锰矿石生产上也采用焙烧方法除去挥发成分得到成品矿石。

碳酸锰矿石中含有一些难选矿石，锰与铁、磷或脉石紧密共生，嵌布粒度极细，难以分选，可以考虑用冶炼方法处理。例如处理高磷高铁锰矿石的富锰渣法，生产活性二氧化锰的硝酸浸出法和生产金属锰的电解法等均已用于工业生产。此外，还有连二硫酸钙法和细菌浸出法等。

氧化锰矿石中锰矿物主要是硬锰矿、软锰矿和水锰矿等，脉石矿物主要是硅酸盐矿物，也有碳酸盐矿物，常伴生铁、磷和镍、钴等成分。氧化锰矿石的选矿方法以重选为主。风化型氧化锰矿石常含大量矿泥和粉矿，生产上采用洗矿－重选方法。原矿经洗矿除去矿泥所得的净矿，有的可以作为成品矿石，有的需要用跳汰和摇床等再选。洗矿溢流有时也需要用重选或强磁选等方法进一步回收。有的沉积原生氧化锰矿石，由于开采贫化，生产上采用重介质和跳汰选剔除脉石，得到块状精矿。

含铁氧化锰矿石中，铁矿物主要是褐铁矿。铁与锰难以用重选、浮选或强磁选分离，需要采用还原焙烧磁选方法。工业上已采用了洗矿－还原焙烧磁选－重选流程。